Software descargable
Predictor de IgBD:
Este programa sirve para predecir el estado de unión homotípico del dominio Ig-Fold utilizando múltiples algoritmos de aprendizaje automático. (
documentación,
descarga )
Referencia: J. Chen, B. Wang e Y. Wu, "Caracterización estructural y predicción de la función del plegamiento similar a la inmunoglobulina en la adhesión celular y la señalización celular". Journal of Chemical Information and Modeling (26 de febrero de 2018; 58(2):532-542.
Simulador de enzimas:
Servidores y bases de datos en línea
EXCESO:
La base de datos en línea abarca una gran parte de las proteínas de la superficie celular y las interacciones entre sus ectodominios en humanos. Las interacciones predichas en la base de datos se determinan combinando información estructural, funcional, evolutiva y de expresión. Actualmente, EXECSP contiene 13877 PPI para el interactoma de la superficie celular extracelular del proteoma humano. La base de datos utilizó herramientas de modelado computacional para generar el interactoma de las proteínas de la superficie celular y los modelos estructurales de las interacciones asociadas en la red. En comparación con las técnicas experimentales, que requieren mucho tiempo y recursos, los enfoques computacionales ofrecen una ventaja única para detectar interacciones proteína-proteína y modelar la estructura de complejos proteicos. La base de datos EXCESP también contiene interacciones determinadas experimentalmente, compiladas a partir de un conjunto de bases de datos públicas que recopilan interacciones de la literatura, como Uniprot, PrePPI, SPRING, etc. (
Enlace ).
Referencia: K. Dhusia, M. Carlos e Y. Wu, "EXCESP: Una base de datos en línea basada en la estructura para el interactoma extracelular de las proteínas de la superficie celular en humanos". en preparación.
FlexBind:
Un servidor en línea desarrollado para predecir la tasa cinética de asociación de proteínas. Las proteínas se modelan mediante la representación de grano grueso. La flexibilidad molecular se puede incluir en el muestreo conformacional mediante la integración del Modelo de Red Elástica. (próximamente)
Referencia: Z. Xie, J. Chen e Y. Wu, "Simulación de grano grueso de la asociación de proteínas: aplicación a la predicción de tasas e implicación en los mecanismos de asociación". Enviado a PloS Comput Bio.
Conjuntos de datos
FragPairLib:
Se construyó una biblioteca de pares de fragmentos de interfaz a partir de la base de datos actual de estructuras de complejos proteicos. La biblioteca incluye 459 clústeres, cada uno de los cuales está representado por un modelo estructural del par de fragmentos de interfaz correspondiente. Esperamos que esta nueva biblioteca sea útil para predecir estructuras de interacciones proteína-proteína desconocidas. (
Descargar )
Referencia: Z. Xie, J. Chen e Y. Wu, "Descomposición del espacio de las estructuras cuaternarias de proteínas con la biblioteca de pares de fragmentos de interfaz". BMC Bioinformatics (2015) 16: 14. doi:10.1186/s12859-014-0437-4.
Base de datos TNFDB:
En este conjunto de datos, se construyó un interactoma TNFSF-TNFRSF mediante la búsqueda en la base de datos, que contiene interacciones proteína-proteína (IPP) medidas experimentalmente y predichas computacionalmente. El interactoma contiene un total de 194 interacciones entre 18 ligandos de TNFSF y 29 receptores de TNFRSF en humanos. Se modeló la estructura de cada interacción ligando-receptor en la red. Sus afinidades de unión se estimaron computacionalmente a partir de las estructuras modeladas.
Toda la información relevante del interactoma TNFSF-TNFRSF se puede encontrar en nuestro repositorio de GitHub https://github.com/wulab-github/TNFDB
