Núcleo de metabolómica e isótopos estables
Directiva
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Director
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Gerente de operaciones
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Mass Spectrometer Operator
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Seahorse Technician
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Li Liu
Bioinformatic specialist
Solicitar servicios
Los servicios y la experiencia del SIMC están disponibles para los investigadores nuevos en la investigación de la diabetes, asàcomo para los investigadores que trabajan en proyectos relacionados con la diabetes que pueden enriquecerse y ampliarse mediante el uso de la experiencia y las instalaciones de este núcleo.
- Para Seahorse: xueliang.du@einsteinmed.org
- Para ensayos espectrométricos de masas: irwin.kurland@einsteinmed.org y Yunping.qiu@einsteinmed.org
- For Bioinformatics : Li.Liu@einstein.yu.edu
Misión
El objetivo del Stable Isotope and Metabolomics Core (SIMC) es proporcionar a los investigadores del Centro de Investigación de Diabetes Einstein-Mount Sinai plataformas rentables, eficientes y robustas para la determinación de metabolitos/lÃÂÂpidos, asàcomo evaluaciones de flujo in vivo e in vitro. Estas plataformas de espectrometrÃÂÂa de masas están diseñadas para cubrir las vÃÂÂas interconectadas de metabolitos y lÃÂÂpidos, y para ayudar a mejorar nuestra comprensión de las condiciones que cambian la utilización y biosÃÂÂntesis de combustible en las vÃÂÂas metabólicas citosólicas y mitocondriales con el fin de guiar más análisis de biologÃÂÂa de sistemas integrativos de los mecanismos subyacentes en la diabetes, la resistencia a la insulina, la obesidad y las complicaciones diabéticas. Los análisis SIMC complementan los que se realizan en el Animal Physiology Core, como las mediciones de la oxidación de carbohidratos/ácidos grasos en todo el cuerpo, el gasto de energÃÂÂa, la sensibilidad a la insulina especÃÂÂfica de los tejidos, la glucosa, las proteÃÂÂnas y el metabolismo de los ácidos grasos.
Para lograr estos objetivos en una sola instalación, el SIMC ha actualizado su infraestructura tecnológica para incluir los últimos analizadores de flujo Seahorse XFe24 y XFe96 Seahorse para la evaluación de la energética glucolÃÂÂtica y mitocondrial, asàcomo el último Sciex 6500+ QTRAP con movilidad iónica Selexion para análisis LC/MS de metabolitos y lipidómicos especÃÂÂficos, y el último cuadrupolo Shimadzu LC-9030 Time of Flight con Nexera UPLC para análisis metabolómicos y lipidómicos no especÃÂÂficos.
Objetivos
- Determinar perfiles metabolómicos/lipidómicos para el diagnóstico/caracterización de estados fisiológicos y fisiopatológicos en células, tejidos y biofluidos (plasma, orina, heces, etc.).
- Realizar ensayos de sustratos de isótopos estables in vivo para determinar las tasas de sÃÂÂntesis de proteÃÂÂnas, lipogénesis, eliminación periférica de glucosa, reciclaje de glucosa hepática, ciclo de glucosa-glicerol y ciclo de Cori, recambio de fosfato de alta energÃÂÂa (ATP, fosfato de creatina) y disecciones de flujo de isótopos estables in vitro de vÃÂÂas metabólicas.
- Realizar evaluaciones de la glucólisis (tasas de acidificación extracelular, tasas de producción de ATP glucolÃÂÂtico) y el consumo de oxÃÂÂgeno mitocondrial (tasas de respiración mitocondrial y producción de ATP mitocondrial) en explantos de tejido, células primarias aisladas y de cultivo de tejido utilizando analizadores de flujo Seahorse Biosciences.
- Asesorar e instruir a los investigadores del ES-DRC y a sus estudiantes, becarios y personal técnico en el diseño e interpretación de la fluxómica, la metabolómica/lipidómica y los análisis computacionales con el objetivo de dilucidar la base molecular subyacente a la homeostasis de la glucosa y los lÃÂÂpidos en humanos y modelos animales.
New Developments
- Se ha establecido un Centro de Innovación en EspectrometrÃÂÂa de Masas Shimadzu-Einstein, comenzando con el desarrollo de aplicaciones y protocolos para el nuevo analizador de tiempo de vuelo cuadrupolo Shimadzu LC-9030.
- Widely targeted Lipidomic Profiling (WTLP) using the Sciex 6500+ QTRAP: Our newly developed widely targeted lipidomic profiling (WTLP) method employs a MRM based fragmentation method for the Sciex 6500+, combined with Avanti SPLASH© and Lipidyzer© standards, to design a WTLP method for detection and quantitation of ~1300 lipid species in 26 lipid classes, including Ceramides (CER), Cholesterol (CHOL), Cholesterol ester (CE), diacylglycerol (DAG), Triacylglycerol (TAG), dihydroceramides (DCER), free fatty acids (FFA), hexosylceramides (HCER), lactosylceramide (LCER), phosphatidylcholine (PC), phosphatidylethanolamine (PE), lyso-PC (LPC), lyso-PE (LPE), sphingomyelin (SM), phosphatidic acid (PA), phosphatidylinositol (PI), phosphatidylglycerol (PG) and phosphatidylserine (PS). In human plasma, 600-700 lipid species have a coefficient of variation (CV) <30%.
- Panel de metabolitos polares pequeños (WTSM) ampliamente dirigido mediante el uso de la Sciex 6500+ QTRAP: la Sciex 6500+ QTRAP, con ~550+ metabolitos anotados cuando solo se utiliza la columna C18, cubre una parte sustancial de las vÃÂÂas de metabolitos clave, como aminoácidos, aminas, acil carnitinas, ácidos orgánicos (metabolitos de TCA, metabolitos glucolÃÂÂticos que incluyen lactato/piruvato), ácidos biliares y ácidos grasos. La inclusión de la cromatografÃÂÂa HILIC para muestras de tejido aumenta la capacidad de detección a ~650+. En el plasma humano, se encuentran ~200 metabolitos con un coeficiente de variación (CV) <30% y en la orina se encuentran ~300 metabolitos con CV <30% solo para el método de la columna C18.
- SIMC ahora ofrece un nuevo servicio de modelado molecular y quÃÂÂmica computacional que incluye lo siguiente:
- structural modeling
- protein-protein & protein-small molecule interactions
- cheminformatics, quantitative structure–activity relationship (QSAR) and virtual high throughput screening (vHTS)
- assistance available for the inclusion of computational chemistry and molecular modeling in grant applications and manuscript preparation
Módulo No | Servicio | Tarifa por muestra | Tarifa por muestra | Tarifa por muestra | |||
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Afuera* | No miembro* | Miembro del DRTC | |||||
Módulo #1 | Tejido/Plasma 180 metabolitos: Acilcarnitinas, Aminas, Aminoácidos, Azúcares, LÃÂÂpidos | $190 | $125 | $99 | |||
Módulo #2 | Colina, BetaÃÂÂna, TMAO y Creatinina | $199 | $165 | $125 | |||
Módulo # 3 | Glucólisis, vÃÂÂa de las pentosas fosfato y ciclo del TCA | $190 | $125 | $99 | |||
Módulo # 4 | Redox y Bioenergética | $199 | $165 | $125 | |||
Módulo # 5 | ÃÂÂcidos biliares | $190 | $125 | $99 | |||
Módulo # 6 | Análisis de acil-CoA | $190 | $125 | $99 | |||
Módulo # 7 | Detección de metabolitos pequeños mediante cromatografÃÂÂa de gases y espectrometrÃÂÂa de masas (GC/MS) | $250 | $165 | $125 | |||
Módulo # 8 | ÃÂÂcidos grasos de cadena corta | $190 | $125 | $99 | |||
Módulo # 9 | Lipogénesis por agua deuterada | $199 | $165 | $144 | |||
Módulo # 10 | ~150 metabolitos por LC/MS (aminoácidos, aminas acilcarnitinas, glicerofosfolÃÂÂpidos y esfingolÃÂÂpidos) y GC/MS no dirigida | $250 | $200 | $175 | |||
Módulo # 11 | Prueba de tolerancia a la glucosa mediante reciclaje hepático | $150 | $99 | $72 | |||
Módulo # 12 | PGH por U 13 Minibomba de glucosa C Alzet | A pedido | A pedido | A pedido | |||
Módulo # 13 | Bioinformática | $199 por hora | $150 por hora | $125 por hora | |||
Módulo #14 | Perfil de metabolitos pequeños ampliamente dirigidos (WTSM), ~500+ metabolitos | $190 | $165 | $125 | |||
Módulo #15 | Perfil lipidómico ampliamente focalizado (WTLP), ~1300 especies, 26 clases de lÃÂÂpidos | $190 | $165 | $125 | |||
Preparación de muestras | Muestra de tejido en polvo y peso | $25 | $25 | $25 | |||
* Exterior: organizaciones no afiliadas a Einstein | |||||||
* No miembro: Organizaciones afiliadas a Einstein | |||||||
Para obtener descuentos en muestras al por mayor (más de 100 muestras), comunÃÂÂquese con el Dr. Kurland (Irwin.Kurland@einsteinmed.org) |