David Cowburn

PhD David Cowburn

Área de investigación

  • Biología molecular estructural; relaciones estructura/función en el sistema inmune, transducción de señales y transporte nuclear; RMN; integración de simulación de procesos y experimentos dependientes del tiempo; ingeniería de proteínas.

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centro médico

  • Albert Einstein College of Medicine Jack and Pearl Resnick Campus 1300 Morris Park Avenue Edificio Ullmann 423 Bronx, NY 10461


Intereses profesionales

La investigación de David Cowburn se centra en la aplicación de la biología estructural, y en particular de la resonancia magnética nuclear (RMN), a problemas biológicos. Desarrolla y aplica nuevos métodos útiles a problemas complejos que no se pueden abordar fácilmente con los métodos estándar. Los objetivos actuales incluyen el mecanismo de transporte selectivo rápido en el complejo de poros nucleares y la ingeniería de proteínas mediante métodos de corte. Algunas contribuciones estructurales significativas incluyen el primer dominio SH2, el primer miembro proapoptótico de la familia BCL, complejos de alta afinidad de SH3/ligandos específicos y péptidos/objetivos engrapados, e interacciones de dominio de homología de pleckstrina/PIP. Las contribuciones metodológicas abarcan nuevos métodos de etiquetado isotópico, especialmente el etiquetado segmentario mediante ligadura de proteínas expresadas y la producción de quinasas para el análisis de RMN; análisis de propiedades de relajación para autoasociación débil, movimiento de dominios múltiples, contribución de CSA; RMN en células con métodos de expresión avanzados; imitaciones de interacciones proteína-proteína y métodos de simulación de RMN y dinámica molecular. Un área de enfoque importante es la biología estructural de los dominios proteicos en la transducción de señales, incluidos los dominios SH2, SH3, quinasa, fosfatasa, PH y muchos otros, y cómo los ligandos naturales interactúan con ellos. Los trastornos de señalización relacionados con estos dominios conducen a muchos estados patológicos. Mediante el uso de RMN, existe un gran esfuerzo para comprender cómo se pueden describir los sistemas intrínsecamente desordenados, incluidos aquellos con interacciones "difusas". Además de RMN, el laboratorio utilizó simulación molecular mediante métodos de movimiento MD y browniano, y métodos de dispersión de ángulo pequeño.

Fue miembro del cuerpo docente de la Universidad Rockefeller entre 1973 y 2000, y se desempeñó como presidente y director ejecutivo del Centro de Biología Estructural de Nueva York entre 2000 y 2010.

Publicaciones Seleccionadas

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Listado de Orcid

Publicaciones recientes:

 

173 . Raveh B, Eliasian R, Rashkovits S, Russel D, Hayama R, Sparks S, Singh D, Lim RY, Villa E, Rout M, Cowburn D, Sali A. Mapa espaciotemporal integrador del transporte nucleocitoplasmático. bioArkiv. 2023. doi: 10.1101/2023.12.31.573409. PubMed PMID: 20231231573409.

172. Cowburn D, Rout M. Mejorar la imagen completa: hacia un consenso sobre el mecanismo de transporte nuclear. Biochem Soc Trans . 2023;51(2):871-86. Doi 10.1042/BST20220494

 

171. Sekar, G., AJ Stevens, AZ Mostafavi, P. Sashi, TW Muir y D. Cowburn (2022). "Un residuo de histidina conservado impulsa la dependencia de la exteína en una inteína dividida atípicamente mejorada". J Am Chem Soc 144 (41): 19196-19203. P

170. Malonis RJ, Georgiev GI, Haslwanter D, VanBlargan LA, Fallon G, Vergnolle O, Cahill SM, Harris R, Cowburn D, Chandran K, Diamond MS, Lai JR. Un inmunógeno de nanopartículas del dominio III del virus Powassan genera anticuerpos neutralizantes y protectores en ratones. PLoS organisms . 2022;18(6):e1010573. Publicación electrónica 10/06/2022. doi: 10.1371/journal.ppat.1010573. PubMed PMID: 35679349.

169 . Georgiev GI, Malonis RJ, Wirchnianski AS, Wessel AW, Jung HS, Cahill SM, Nyakatura EK, Vergnolle O, Dowd KA, Cowburn D, Pierson TC, Diamond MS, Lai JR. Los inmunógenos de nanopartículas EDIII de ZIKV resurfactadas provocan respuestas neutralizantes y protectoras in vivo. Cell Chem Biol. 2022. Publicación electrónica 20220224. doi: 10.1016/j.chembiol.2022.02.004. PubMed PMID: 35231399.

168 . Bravo-Ferreira JFS, Cowburn D, Khoo Y, Singer A. Asignación de RMN mediante programación lineal. Journal of Global Optimization . 2021. doi: 10.1007/s10898-021-01004-3. WOS:000627661100001.

 

167 . Dixit U, Bhutoria S, Wu X, Qiu L, Spira M, Mathew S, Harris R, Adams LJ, Cahill S, Pathak R, Rajesh Kumar P, Nguyen M, Acharya SA, Brenowitz M, Almo SC, Zou X, Steven AC, Cowburn D, Girvin M, Kalpana GV. El dominio Rpt1 de INI1/SMARCB1 imita el ARN TAR en la unión a la integrasa para facilitar la replicación del VIH-1. Nat Commun . 2021;12(1):2743. Publicación electrónica 14/05/2021. doi: 10.1038/s41467-021-22733-9. PubMed PMID: 33980829; PMCID: PMC8115288.

 

166 . Sparks S, Hayama R, Rout MP, Cowburn D. Análisis de interacciones IDP multivalentes: estequiometría, afinidad y mediciones del efecto de la concentración local. En: Kragelund BB, Skriver K, editores. Proteínas intrínsecamente desordenadas: métodos y protocolos. Nueva York, NY: Springer US; 2020. pág. 463-75.

 

165. Cable J, Brangwynne C, Seydoux G, Cowburn D, Pappu RV, Castaneda CA, Berchowitz LE, Chen Z, Jonikas M, Dernburg A, Mittag T, Fawzi NL. Separación de fases en biología y enfermedad: informe de un simposio. Ann NY Acad Sci . 2019;1452(1):3-11. PMCID: PMC6751006

 

164. Stevens, AJ, Sekar, G., Gramespacher, JA, Cowburn, D. y Muir, TW (2018). Un mecanismo atípico de reconocimiento y plegamiento molecular de inteínas divididas. J Am Chem Soc 140, 11791-11799.

163. Hayama, R., Sparks, S., Dutta, K., Hecht, L., Cabana, C., Karp, J., Rout, MP y Cowburn,

D. (2018). Caracterización termodinámica de las interacciones multivalentes que subyacen a la translocación selectiva a través del complejo de poros nucleares. The Journal of biological chemistry 10.1074/jbc.AC117.001649 Selección de los editores. Cita F1000, PMC5868264

 

162. Sparks, S., Temel, D., Rout, M. y Cowburn, D. (2018). Descifrando la interacción "difusa" de las nucleoporinas FG y los factores de transporte utilizando SANS. Estructura 26, 477-484 e474, PMC5929991